Sir William Peterson a consolidé la réputation de McGill en tant qu’université de recherche de premier ordre. Durant son mandat de principal (1895-1919), il dirige la fondation d’une école d’études supérieures et la création de plusieurs programmes.
En 1906, il participe à l’intégration du Collège Macdonald à l’Université. Sir William Peterson s’intéresse de près aux affaires étudiantes, et c’est sous sa gouverne qu’est créée l’Association étudiante de l’Université McGill, qui vise à donner aux étudiants une certaine autonomie.
Sir William Peterson supervisera également l’établissement du McGill University College of British Columbia, qui deviendra l’Université de la Colombie-Britannique.